Congé de longue maladie (CLM)

Temps de lecture 3 min. | Mise à jour le 23 octobre 2026.

Sommaire

1 - Références réglementaires

Code Général de la fonction publique : articles L822-6 à L822-11(lien externe) et articles R 822-9 à R 822-18 (octroi du CLM)
Décret n°93-522 du 26 mars 1993(lien externe) relatif aux conditions de mise en œuvre de la NBI dans la FPE l’article 2
Décret 2010-997(lien externe) modifié par décret 2026-705(lien externe) du 29 juillet 2026, art. 10 (maintien des primes à 33 % la première année, et 60 % les deux années suivantes)
Décret 84-972 (art 5-1 et 5-2)(lien externe) report automatique des congés annuels non pris.
Décret n° 2026-768 du 11 août 2026 relatif à l’information du fonctionnaire sur les modalités de report de jours de congé annuel non pris.(lien externe)
Décret 2026-705 du 29 juillet 2026(lien externe) relatif aux congés pour raisons

2 - Objet

L’agent peut prétendre à un congé de longue maladie (CLM), d’une durée maximum de 3 ans, dès lors que celui-ci se trouve dans l’incapacité d’exercer ses fonctions et qu’une maladie rend nécessaire un traitement et des soins prolongés.

Un arrêté du 1er octobre 1997 fixe la liste des maladies ouvrant droit à un congé de longue maladie, mais le conseil médical en formation restreinte peut également accorder ce congé pour une maladie n’y figurant pas. Le CLM est accordé par périodes de 3 à 6 mois pour une période maximale de 3 ans pour une même affection.

3 - Conséquences

Le traitement indiciaire est conservé 1 an, puis le traitement est réduit à 60 % pendant les deux années suivantes. La NBI est versée dans les mêmes proportions que le traitement. Les primes et indemnités sont maintenues à hauteur de 33 % la première année et de 60 % les deuxième et troisième année. Les majorations et indexations liées à une affectation Outre-mer suivent les mêmes proportions que le traitement.

L’agent conserve ses droits au supplément familial de traitement et l’indemnité de résidence.

Un agent ayant épuisé la totalité de ses 3 ans de CLM ne peut bénéficier d’un nouveau CLM (que ce soit pour la même affection ou pour une autre) qu’après avoir repris ses fonctions, en position d’activité, pendant au moins 1 an.

En cas de CLM fractionné, l’agent a un plein traitement sous réserve qu’il ait été, au cours des 4 années précédentes, placé moins d’un an en CLM. Si tel n’est pas le cas, il perçoit un demi-traitement jusqu’à l’expiration du congé dans la limite des trois ans.

L’agent en CLM conserve ses droits en matière d’avancement, de retraite et de congés. À sa reprise, les congés annuels non pris en raison du CLM sont automatiquement reportés dans la limite de 4 semaines, pour une période de 15 mois.
Conformément au décret n°2026-768(lien externe) du 11 août 2026, l’administration a l’obligation d’informer individuellement l’agent du nombre de jours reportés et de la date limite pour les prendre. Cette information doit être notifiée dans le mois suivant la reprise effective des fonctions.

Le délai de report commence à courir à compter de cette information, sous réserve des règles particulières applicables aux congés de longue durée.

Dans le cas où il est bénéficiaire d’un régime ARTT, il n’y a pas d’acquisition de jours ARTT.

Sous réserve de l’avis favorable d’un médecin agréé, l’agent en CLM peut demander à suivre une formation ou à réaliser un bilan de comp étences pour favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle.

L’administration doit répondre dans un délai de 30 jours.

4 - Fin du CLM

La reprise de fonctions à l’expiration des 3 ans de CLM est soumise à l’avis obligatoire du Conseil médical. Si l’agent est reconnu apte il réintègre son service d’origine et cela même en surnombre.

L’agent peut également solliciter un partiel thérapeutique, qui est accordé de droit par l’administration sur simple présentation d’un certificat médical de son médecin traitant. Le TPT peut être effectué à hauteur de 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 % du temps de travail, pour une durée de un à trois mois, renouvelable dans la limite d’une année.

Si l’agent ne peut reprendre ses fonctions, il est soit  :

mis en disponibilité d’office, si le conseil médical juge que l’état de santé va évoluer favorablement  ;
reclassé dans un autre emploi  ;
reconnu définitivement inapte à l’exercice de tout emploi et admis à la retraite pour invalidité après avis du conseil médical ou licencié, s’il n’a pas droit à pension.